民国初年，泰山殿藏经楼遭火焚毁，其后房屋失修毁圯甚多。僧人筱修将部分房屋修理，又将泰山殿改称为圆通禅寺。抗日战争时期日寇侵占宝应时，禅寺被伪军强占为军营，破坏更为严重。至解放前夕整个禅寺已残破不堪，仅剩大雄宝殿，1956年将其拆毁。
1982年本县落实党的宗教政策，又经多方支持，由住持僧明波在原明志佛堂（明志佛堂系民国初年由一位佛教信徒吴三老太所建，其目的是为自己及周围信男善女吃斋念佛有个安静的场所）筹款重建。
1990年，经扬州市人民政府批准，正式定名为圆通禅寺。该寺坐北朝南，占地面积近2000平方米。三进殿堂，前小后大，布局严谨。南北依次建有山门、弥勒菩萨殿、阿弥陀佛殿、大雄宝殿和藏经殿；东西两侧则有玉佛殿、观音菩萨殿、地藏菩萨殿、客堂等。藏经楼，藏有日本版《大正藏》十篋一百部，为寺院“镇寺之宝”。此藏经系台湾弥勒内院宽裕法师所赠。禅寺牌楼型山门上门匾“圆通禅寺”，系原全国政协副主席、佛教会会长赵朴初题写。
